Desde a sua fundação, o CFEMEA teve ou ainda tem apoio das seguintes instituições:

Organismos Multilaterais

UNIFEM, FNUAP, UNICEF, OPAS, BID/PROLID - Programa de Apoio à Liderança e Representação Política das Mulheres.

Agências Bilaterais

Fundo para Igualdade de Gênero da Agência Canadense para o Desenvolvimento Internacional (FIG/CIDA), Departamento para o Desenvolvimento Internacional do Conselho Britânico (DFID).

Fundações no Exterior

Fundação Ford, Fundação MacArthur, Fundação Friedrich Ebert/Instituto Latino-americano de Desenvolvimento Econômico e Social (FES/ILDES), NOVIB, Global Fund, ActionAid, Coalizão Internacional em Prol da Saúde da Mulher (IWHC), Henrich Böell Stiftung (HBS), Organização Britânica OXFAM, AVINA, Ashoka.

Governo Federal

Conselho Nacional dos Direitos das Mulheres (CNDM), Ministério da Saúde, Secretaria Especial de Políticas para as Mulheres (SPM).

Empresas Privadas

Avon, Seda, Hering.

Outros

CEBRAP/CCR/Fundação Macarthur - Prosare, Faculdade Latino-americana de Ciências Sociais (FLACSO - Sede Acadêmica Brasil), Federação de Órgãos para Assistência Social e Educacional (FASE), Embaixada da Finlândia.